Durante esta época el Imperio turco llevó a cabo una política expansiva que afectó fundamentalmente a Europa Central en torno al Danubio y al Mediterráneo. Carlos I no le concedíó el mismo nivel de atención que a otros conflictos porque le dio mayor importancia al conflicto con Francia. Por tanto, intervénía fundamentalmente en situaciones extremas. El conflicto del Imperio otomano fue un conflicto sin resolver, por lo que volvíó a plantearse en el reinado de Felipe II.
Fundamentalmente en Alemania, se produjo una difusión del protestantismo, reforma encabezada por Lutero. Algunos príncipes alemanes apoyaron la Reforma con la idea de disminuir el poder de la Iglesia Católica como medio para aumentar el suyo y así separarse de la tutela imperial. El conflicto contra los príncipes protestantes alemanes, por tanto, fue político. Las alternativas en la vía de la conciliación y la negociación se exploraron mediante la convocatoria del Concilio de Trento (1545-1563) por la que el propio emperador presionaba al papa para que actuase. Sin embargo, el conflicto no se resolvíó, de tal manera que incluso desde las Iglesias de Roma se produjo una ruptura total con los protestantes y se pusieron en marcha una serie de principios vinculados con la Contrarreforma. La guerra al presentarse no como religiosa sino como política, abríó la vía al recurso militar, lo que llevó a una guerra encabezada por el emperador contra los príncipes que se habían rebelado frente a su autoridad. Estos rebeldes fueron derrotados en Mühlberg (1547), aunque no se consiguió la unificación política y religiosa.
En 1556 Carlos I renunció a sus dominios. Cedíó a favor de su hijo Felipe II la Península Ibérica, los Países Bajos, el Franco Condado, los territorios italianos y las posesiones ultramarinas. Los territorios alemanes y austriacos y el título imperial pasaron a su hermano Fernando. Y Carlos I, ya no como emperador, se retiró a Yuste donde finalmente terminó muriendo en 1558.
Felipe II (1556-1598):
Felipe II nacíó en Valladolid y murió en El Escorial. Fue un rey totalmente castellanizado. Durante su reinado se dieron conflictos internos, pero también se produjo una unidad peninsular, mediante la cual, se incorporó el tercer reino peninsular de Portugal gracias a las políticas matrimoniales y presiones militares. Respecto a la política exterior, aparte del mantenimiento de la hegemonía política, Felipe II actuó como defensor del catolicismo ante los protestantes. En buena medida, asumíó el papel de la contrarreforma.
Felipe II establecíó la corte de Madrid (1561) como capital del reino porque tuvo que gobernar los territorios de la corona desde la distancia. Esto hizo que fueran muy importantes la administración y el ejército, por lo que ambos debían ser numerosos y permanentes. Los reinos hispánicos eran el centro de sus dominios hispánicos y el rey, ya castellano, se rodéó de consejeros también castellanos, lo que dio lugar a una hispanización de la política. Como impulsor de la contrarreforma fue líder y defensor del catolicismo y le dio mucha importancia al mantenimiento de la unidad religiosa y política. Bajo su reinado se dieron una serie de rebeliones, muy ligadas al aumento del autoritarismo político y religioso y se produjeron pocos cambios en las instituciones de sus reinos puesto que continuó con lo establecido por los reyes católicos y Carlos I.
En los territorios vinculados con la monarquía hispánica hacia 1580 destacan la incorporación de Milán, Portugal, los territorios coloniales y puntos en la zona de Asía, donde los Portugueses se establecieron para las relaciones comerciales.
Las sublevaciones en Granada constituyeron un problema religioso debido a las conversiones ficticias, un problema social por la integración de la población musulmana respecto a la población cristiana y un problema político por ser vistos como potenciales aliados de los turcos.
En las capitulaciones tras la conquista de Granada se reconocía el mantenimiento de las costumbres de la población musulmana. Sin embargo, en los próximos años hubo una tendencia a la conversión, fundamentalmente mediante la presión. Esto llevó a una movilización por parte de los musulmanes que fue entendida por la monarquía como la ruptura de las capitulaciones y se establecíó la conversión obligatoria a partir de 1502. Durante el reinado de Felipe II la rebelión más importante se produjo con los moriscos de Granada, conocida como Sublevación o Guerra de las Alpujarras (1568-1570). El detonante fue una serie de normas dictadas por el Rey que pretendía prohibir el uso de la lengua árabe, las vestimentas, los apellidos y las ceremonias árabes con el objetivo de la homogeneización en defensa del cristianismo. Aun así, la
rebelión fue aplastada por Juan de Austria, hermano del rey. La mayoría de los moriscos supervivientes fueron deportados y repartidos por toda Castilla, confiscándoles sus tierras para entregárselas a nuevos colonos.
Las sublevaciones en Aragón (1590-1592) se produjeron porque el rey tomó una serie de medidas que fueron entendidas de manera interna como contraria a los fueros aragoneses. Los fueros tenían unos derechos propios y sus propias instituciones de gobierno. El detonante fue el intento del rey de nombrar virrey de la Corona de Aragón a un castellano y no Aragónés, y el hecho de querer situar bajo la jurisdicción real el condado de Ribagorza, en manos de un señor feudal local. Esto generó el descontento de nobles y burgueses y la oposición del Justia Mayor de Aragón, máxima instancia judicial en estos territorios, al ser entendido como una amenaza a los fueros aragoneses.
Antonio Pérez, antiguo secretario personal de Felipe II, logró huir de la cárcel y se refugió en Aragón porque sus instituciones le podían defender frente al poder del monarca. Se acogíó al privilegio de manifestación y se puso bajo la protección del Justica Mayor. Esto para Felipe II supuso una gran pérdida de control, por lo que recurríó al tribunal de la Inquisición, que el mismo controlaba, para juzgar a Antonio Pérez. Esto ya sí que fue claramente considerado como un contrafuero, por lo que mediante el Motín de Zaragoza (1591), se líberó a Pérez. En los meses siguientes se produjeron los incidentes, contando incluso con el apoyo de protestantes franceses, para debilitar a la monarquía. El ejército real restablecíó el orden por la fuerza en represalia contra las autoridades y el propio Justicia Mayor terminó siendo ejecutado. Antonio Pérez huyó a Francia y las propias Cortes de Aragón (1592) se vieron obligadas, tras la resistencia de las tropas del monarca, a aceptar cierta reducción de sus derechos forales. Aun así, se mantuvieron los fueros e instituciones de Aragón.
Felipe II continuó con la política internacional iniciada por su padre Carlos I, aunque con algunas variaciones. En los primeros años de su reinado otorgó mayor atención al Mediterráneo, debido a los problemas no resueltos respecto al Imperio otomano y con los piratas berberiscos. Hacia el 1580, intervino con mayor presión sobre las zonas Atlánticas, debido a la rebelión en los Países Bajos por una cuestión religiosa y política. La uníón con Portugal tuvo un carácter exitoso, pero para hacer efectivo sus derechos, requería de recursos, entre otros militares. También aparecíó un nuevo enemigo, Inglaterra, cuya guerra se prolongó hasta mediados del Siglo XVII.
Hubo un problema sucesorio en Portugal porque Felipe II, al ser hijo de Isabel de Portugal, quiso hacer valer sus derechos a la corona. Esta candidatura contó con una serie de apoyos, fundamentalmente de la nobleza, el alto clero y la alta burguésía portuguesa. Aun así, también hubo una serie de resistencias que consiguió neutralizar mediante un ejército al mando del Duque de Alba al invadir Portugal. Ante los apoyos, Felipe II se comprometíó a respetar la autonomía del reino, aceptar sus leyes e instituciones, reservar los principales cargos para los portugueses y garantizar la protección de su comercio. Esto finalmente terminó siendo aceptado por las Cortes de Tomar (1581) que reconocíó de manera formal a Felipe II como rey de Portugal. Así pues, desde 1580 se produjo la uníón de estos dos grandes imperios coloniales.
En el mediterráneo se seguía manteniendo la defensa frente a los turcos y piratas berberiscos, por lo que Felipe II dotó de mayores recursos a la armada para la mejora de la flota. También buscó aliados como la República de Venecia y el Papado para acabar con el problema de los turcos. Se llegó incluso a formar la Liga Santa, vinculada con el concepto de cruzada, que terminó venciendo a los turcos en la batalla de Lepanto (1571). La derrota de los turcos llevó a que se firmara una tregua definitiva con los turcos. Sin embargo, continuaron los problemas en la costa con los piratas berberiscos. Felipe II diseñó un proyecto de construcción de torres de vigilancia costera contra los piratas berberiscos, aunque fue Felipe IV quien la llevó a cabo.
La rebelión en los Países Bajos fue el mayor problema político y militar del reinado, por el gran costo que tuvo para el pago de los recursos. Felipe II llevó a cabo una política agresiva contra los calvinistas, que estaban en contra del dogma de la iglesia, donde pretendíó imponer los dogmas aprobados en el Concilio de Trento e implantar la Inquisición mediante el Autoritarismo real. Ante esta política agresiva, en el norte de los Países Bajos se dieron una serie de revueltas contra iglesias y monasterios católicos (1566). La respuesta de Felipe II fue el envío de los tercios del Duque de Alba que llevaron a cabo una gran represión. Desde 1581 se dio una ruptura definitiva con las provincias del norte que se declararon independientes, aunque no se les otorgó la independencia por lo que en estos territorios cedíó la soberanía a su hija Clara Eugenia y al Archiduque de Austria en 1598.
Con Inglaterra las relaciones se fueron volviendo cada vez más tensas debido a que la monarquía inglesa rechazaba el régimen de monopolio, que implicaba que la Corona hispánica tuviese la capacidad exclusiva de controlar y explotar los territorios de América. Los ingleses empezaron a hacer uso de las expediciones corsarias para comerciar de manera ilegal y para que tomasen barcos y mercancías de esas rutas castellanas. Además, Inglaterra apoyó a los rebeldes de los Países Bajos en su intento de frenar el avance de la monarquía hispánica en esta zona. Finalmente, este clima de tensión generó una guerra abierta anglo-española (1585-1604) donde el acontecimiento más representativo fue el de la Gran Armada o Armada Invencible. Esta gran flota intentó invadir las islas para generar un cambio de monarquía en la corona. Sin embargo, fueron derrotados por enfrentamientos directos y problemas climáticos.