La indignación de todos los grupos sociales se dirigía contra Godoy , pero también contra los reyes, por mantenerle al frente del Gobierno.La oposición se fue concentrando en torno al príncipe Fernando , apartado del gobierno por Godoy .En Octubre de 1807 fue descubierta una primera conspiración de Fernando,que acabó obteniendo el perdón de sus2 padres en el llamado Proceso de el Escorial .La situación se deterioró aún más tras la subida de Napoleón al poder , cuando España firmó el Tratado de Fontainebleau que autorizaba a los ejércitos franceses a entrar en el país para atacar a Portugal. En esta situación se produjo el motín de Aranjuez impulsado por nobles y eclesiásticos, y protanizado por soldados y sectores populares, que exigían la destitución de Godoy y la renuncia de Carlos IV a favor de su hijo Fernando.Al día siguiente, fue proclamado rey Fernando VII, pero la crisis de la monarquía se agravó cuando Carlos IV solicitó la ayuda de Napoleón para recuperar el trono. Bonaparte, constatando la debilidad de los Borbones, decidió convocar a los monarcas en Bayona y ocupar España para anexionarla a su Imperio. En Bayona ambos reyes decidieron abdicar de la Corona y, con esta legitimación, Napoleón nombró a su hermano José , rey de España y convocó unas Cortes en Bayona para aprobar una nueva Constitución. En otoño de 1808 , Napoleón entró en España y, en pocas semanas ocupó Aragón, Cataluña y Madrid, dando paso a la Guerra de la Independencia.
La guerra de la independencia:El 2 de Mayo estallan las protestas en Madrid duramente reprimidas por Murat. La sublevación se extiende por todo el país, y ante el vacío de poder se forman Juntas, primero locales y luego provinciales.En la primera fase, las primeras defensas organizadas fueron las de algunas ciudades sitiadas durante meses. Después de la derrota francesa en Bailén , los franceses se retiraron al norte del Ebro, iniciándose así la segunda etapa o fase, donde Napoleón decidió intervenir personalmente: llegó con un gran ejército e invadió toda España. Los seis años de conflicto dejaron el país en una situación realmente difícil. Aproximadamente ,500.000 muertos y exilio de miles de afrancesados, daños materiales en ciudades, monumentos, obras de arte robadas…Daños económicos: agricultura paralizada por los alistamientos y los campos arrasados; la poca industria que había, paralizada; el comercio con América, interrumpido; la Hacienda, arruinada. En 1810, desprestigiada por los fracasos en la guerra, la Junta Suprema Central se disuelve y convoca Cortes para organizar el gobierno de España. Entre los diputados habrá una mayoría liberal , porque dada la situación del país, muchos eran suplentes. En 1812 tiene lugar la promulgación de la «Pepa», constitución de marcado carácter liberal, con una amplia declaración de derechos y libertades. Se establece una nueva estructura del estado. Además de la Constitución, las Cortes elaboraron una serie de leyes encaminadas a eliminar el Antiguo Régimen en sus distintos aspectos: Supresión de señoríos jurisdiccionales, mientras que los señoríos territoriales pasan a ser propiedad privada; eliminación de mayorazgos; abolición de la Inquisición; libertad de trabajo, contratación y comercio, y eliminación de gremios.
A su retorno a España Fernando VII manifestó rápidamente cuáles eran sus intenciones. Se firmó el Manifiesto de los Persas, un documento entregado al rey,en el que se defendía la vuelta al Antiguo Régimen , al absolutismo real y la alianza del Altar y el Trono., detrás de la cual estaba la defensa a ultranza de los privilegios estamentales. Quienes propugnaban los cambios eran, como hemos visto, los liberales. El liberalismo había penetrado en España procedente de Francia a partir del estallido de la revolución e influido por las ideas de la Ilustración. Con la Constitución de 1812, las ideas liberales penetraron con fuerza y el país vivió su primera experiencia constitucional. En cambio el reinado efectivo de Fernando VII, supuso un paréntesis de reacción, de intento de conservar a toda costa el absolutismo. Durante los años de su reinado, los liberales fueron perseguidos y las reformas aplazadas. España se convirtió, a partir de 1814, en un país de segundo orden debilitado militar y económicamente y carente de una política exterior coherente. Una situación de insignificancia diplomática que se prolongaría durante todo el siglo XIX y buena parte del Siglo XX.111
Fernando VII, tras su regreso a España en 1814, no cumplió sus promesas de acatamiento de la Constitución y restableció el Antiguo Régimen. Inició una persecución de liberales y afrancesados, restauró las antiguas instituciones y el régimen señorial y se negó a emprender las reformas necesarias durante la posguerra,con el fin de restablecer la situación anterior a 1808. Esto dio al Trienio Liberal, cuyo objetivo era consolidar la abolición del Antiguo Régimen. Para ello, se restableció la Constitución de 1812, se llevaron a cabo desamortizaciones de las tierras del clero regular, reformas agrarias y se impulsaron de nuevo las libertades. Los primeros eran partidarios de reformas más favorables a las élites sociales mientras que los radicales planteaban la defensa inapelable de las libertades y el pleno desarrollo de la Constitución. La última fase, llamada Década Ominosa, se inició en 1823 con la invasión de un ejército francés denominado los Cien Mil Hijos de San Luis, enviados en virtud de los acuerdos posteriores a la caída de Napoleón que pretendían garantizar la pervivencia del Antiguo Régimen en toda Europa. Todo esto provocó un periodo de inestabilidad y conflicto político y social, aunque en él se produjeron cambios y reformas que modelaron de forma fundamental la sociedad española y que aún hoy perduran.